Le maître d’ouvrage propose dans son dossier des suivis des mesures d’évitement, de réduction et de compensation à mettre en place. Plus ces mesures seront détaillées dans les dossiers, plus il sera facile d’en définir les modalités.  

A partir de ces propositions, l’acte d’autorisation fixe les modalités de suivi de la mise en œuvre des mesures  et de leur efficacité. Pour ce faire, des indicateurs doivent être élaborés par le maître d’ouvrage et validés par l’autorité décisionnaire. Le dispositif de suivi doit être proportionné à la nature et aux dimensions du projet, à l’importance de ses incidences prévues sur l’environnement ainsi qu’à la sensibilité des milieux concernés.

Ainsi, dans les dossiers soumis à instruction, il est recommandé de présenter chaque mesure de suivi concernant d’une part, l’état d’avancement des mesures (objectifs de moyens)  et d’autre part, concernant l’efficacité des mesures (objectifs de résultats). Il s’agit ainsi d’indiquer les critères d’évaluation de l’état d’avancement (c’est à dire l’ensemble des travaux et des actions écologiques prévus) des mesures et les critères d’évaluation de l’efficacité des mesures.

La mesure de suivi doit indiquer à quelle mesure ERC elle est rattachée. 

De ce fait, pour chaque critère,  a minima les éléments suivants doivent être présentés :

• l’indicateur de suivi (ex : taux de matières en suspension, proportion de mares avec des macrophytes, présence d’espèce(s) animale(s) ou de végétation caractéristique(s) du milieu, taux de végétalisation du site, etc). L’indicateur permet de conclure si un objectif est atteint, partiellement atteint ou non atteint ; 
• le protocole de suivi (matériel et méthodes), qui doit être identique à celui utilisé pour l’état initial du site d’accueil de la mesure ; il permet ainsi d’avoir des éléments fiables de comparaison avant/après mesure ;
• la fréquence et le calendrier de suivi (le suivi en phase chantier doit être distingué du suivi en phase exploitation ; le calendrier de suivi doit être ajusté en fonction des aléas de chantier) ;
• la structure en charge du suivi (le maître d’ouvrage peut confier le suivi de ses mesures à un tiers mais il en reste réglementairement responsable ; dans le cas où la réalisation de la mesure est déléguée à un opérateur spécialisé, le porteur de projet peut faire appel à une structure indépendante ou à ce même opérateur pour réaliser le suivi, ou piloter la démarche le cas échéant en y associant des experts) ;
• le coût du suivi de la mise en oeuvre (souvent mutualisé avec d’autres mesures) et le coût du suivi de l’efficacité.

Les résultats des suivis doivent être remis aux services de l’État en charge du suivi administratif dans un format adapté.