Les juges ont considéré que l'implantation du parc éolien ne portait pas gravement atteinte au milieu aquatique et à la faune et l'avifaune présents sur le site, mais également que le projet avait un impact visuel limité sur le paysage depuis le littoral dès lors qu'il était éloigné des côtes d'une distance d'au moins seize kilomètres, et que sa localisation et les conditions de son développement permettaient d'atténuer la perception qu'il était possible d'en avoir par beau temps depuis les sites et paysages côtiers.

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Il résulte des études jointes au projet que l'impact de ce dernier sur les espèces protégées de chiroptères est de nul à moyen. Le site d'implantation du projet, situé à l'extérieur des aires de reproduction et de repos des chiroptères, n’est pas de nature à dégrader ou à altérer leur habitat naturel. En revanche, l'impact du projet est qualifié de moyen, en périodes de migration, en ce qui concerne tant la perte de terrains de chasse que le risque de collision. Le risque de collision avec les rotors, en particulier pour la Pipistrelle commune, est ainsi qualifié d'important. Des mesures d'évitement et de réduction, consistant en l'implantation des éoliennes sur des parcelles agricoles peu propices à l'activité des chiroptères, en l'absence de tout éclairage nocturne, en la création d'une mare au sud du projet de nature à les attirer vers un autre territoire de chasse et en un suivi de la mortalité des chiroptères au cours de l'exploitation qui conduira à un bridage, si nécessaire, des éoliennes les plus proches de la lisière de la forêt, ont, en conséquence, été adoptées. Un débrayage ciblé des autres éoliennes est également prévu en cas de besoin. Toutefois, si l'étude sur les milieux naturels qualifie l'impact résiduel du projet comme nul après mise en œuvre de ces mesures d'évitement et de réduction, elle relève cependant que les mesures de bridage envisagées permettront de « limiter à 90 % les risques de mortalité par collision ». En outre, les effets de la création d'une mare au sud du projet ne sont pas évalués avec précision, l'étude se bornant à indiquer qu'elle aura une « attractivité forte » pour les chiroptères eu égard à son éloignement de 500 mètres seulement du site d'implantation du futur parc éolien. 

Dans ces conditions, l'arrêté d'exploitation ne peut être regardé comme comportant des prescriptions particulières suffisantes, notamment de bridage et de fixation de seuils de mortalité excessive d'espèces protégées et des mesures adéquates de réduction, de compensation et de suivi pour assurer le respect de l'interdiction édictée pour la conservation d'espèces animales non domestiques et de leurs habitats. Le projet en cause est de nature à entraîner la destruction d'espèces, en particulier par collisions accidentelles, il relève du régime de dérogation.

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Le positionnement des éoliennes par rapport aux lisières boisées ne semble pas de nature à engendrer des risques particuliers pour les chiroptères, dès lors que les études citées dans l'évaluation des incidences Natura 2000 ont relevé qu'au-delà de quelques dizaines de mètres, le caractère attractif que présentent les lisières pour les chiroptères perd de sa force. Les observations effectuées sur place ont montré qu'au-delà de 30 mètres de distance et de 70 mètres de hauteur par rapport aux lisières, les enjeux chiroptériques devenaient « très faibles ». Ainsi, il a été prévu que les éoliennes seraient implantées à 90 mètres des lisières boisées. La recommandation Eurobats selon laquelle cette distance devrait être de 200 mètres au moins est dépourvue de valeur réglementaire. Dans son mémoire en réponse aux observations de l'autorité environnementale, le pétitionnaire a annoncé l'installation d'un bridage généralisé du parc éolien lors des périodes d'activité intense des chiroptères. L'arrêté préfectoral, fixant les prescriptions applicables au fonctionnement de l'installation, définit avec précision les mesures de bridages nécessaires à la réduction du risque de mortalité pesant sur les chiroptères. Dès lors, le préfet n'a pas fondé légalement son refus en retenant que le projet porterait une atteinte aux chiroptères protégés.

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L'étude d'impact précise les impacts du projet sur les landes humides relictuelles et lagunes permanentes. Le pétitionnaire a eu la volonté d'intégrer la séquence ERC et d'éviter les zones humides. La société a complété son dossier de demande en précisant la localisation des zones humides, leurs surfaces totales et celles impactées par l'emprise des projets et l'analyse des effets cumulés avec d'autres projets, en procédant à un recensement des mesures de réduction des impacts sur les zones humides et en complétant les données de présentation cartographique. Le fait de ne pas indiquer les critères de délimitation des zones humides ne constitue pas une insuffisance. La société a réduit de 30 hectares son projet initial afin de préserver des landes humides atlantiques, et il est prévu que les travaux d'installation se déroulent entre septembre et février, en dehors de la période de vol des espèces de papillons les plus sensibles présentes dans les zones concernées.

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Le site d'implantation du projet n'empiète sur aucune zone Natura 2000 dès lors qu'il est, notamment, situé à 2 km environ du site Natura 2000 « Vallée de l'Arn », à 6,7 km du site « Vallées du Tarn, de l'Aveyron, du Viaur, de l'Agout et du Gijou », à 10,3 km du site « Tourbières du Margnès » et à 10,7 km du site « Causse de Caucalières et Labruguière ». Selon le document d'étude des incidences, le projet n'aura d'effets particuliers ni sur les habitats d'intérêt communautaire ni sur l'avifaune, y compris les chiroptères d'intérêt communautaire compte-tenu des caractéristiques de la zone d'implantation du projet (mono-implantation de résineux, absence de cavités et de bâti) peu susceptibles d'attirer ces espèces alors même que certaines d'entre elles, comme la Barbastelle d'Europe, ont un territoire de chasse très vaste. Par ailleurs, l'étude d'incidences prévoit la création d'îlots de sénescence dont le rôle est de conserver les différents stades d'évolution du sous-bois, d'assurer le développement des niches écologiques et les ressources alimentaires des chiroptères. Une telle mesure, comme le précise d'ailleurs le document d'incidences, a vocation à réduire les impacts potentiellement négatifs du projet sur les chiroptères protégés en éloignant ces espèces du site d'implantation du projet, et n’est pas une mesure de compensation.

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Plusieurs mesures ont été prises dans le cadre d’une déviation routière ayant des impacts sur la conservation de l'azuré de la sanguisorbe, espèce protégée. Il s’agit notamment du déplacement du tracé, de la réduction de l’emprise du projet et de la création d’un linéaire d'arbres de haute tige et de haies de deux à trois mètres de large de part et d'autre de la route en vue d'éviter un risque de collision avec les véhicules. Malgré ces mesures, le projet a toujours un impact résiduel faible sur l’espèce protégée, de sorte que le préfet ne peut autoriser le projet en estimant qu’il n’y a « aucun impact direct » sur cette espèce, et doit dès lors faire l’objet d’une dérogation.

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