En France, les causes majeures de disparition des zones humides sont le développement de l’urbanisation et des infrastructures, l'intensification de l'agriculture et de l'aquaculture, la déprise et le boisement de terres agricoles, l'aménagement des cours d'eau, le prélèvement d'eau, l'extraction de matériaux, l'arrivée d'espèces exotiques envahissantes. Les menaces pesant sur les zones humides sont détaillées sur le site : http://zones-humides.org/milieux-en-danger/menaces

Exemples d’impacts résiduels négatifs significatifs à compenser :

Les incidences engendrées par un projet comprennent à la fois les impacts directs liés à l’altération, la dégradation ou la destruction de la zone humide elle-même, ainsi que les impacts indirects liés au nouvel usage du site ou à la dégradation du milieu récepteur aval. 

Parmi les pressions exercées par les activités humaines sur les zones humides, susceptibles d’engendrer des incidences négatives résiduelles et significatives à compenser, citons à titre d’exemples :

• la modification de l’occupation des sols engendrant la perte sèche d’habitats humides au sein d’une zone humide, voire la destruction de l’ensemble de la zone (ex. : imperméabilisation, remblai, déblai) ;
• l’interruption ou la modification des modalités d’alimentation en eau de la zone humide (ex. : prélèvement des sources en amont de la zone pour l’alimentation en eau potable ; réalisation d’une infrastructure modifiant la topographie ou nécessitant la dérivation des eaux de ruissellement superficiel ou de sub-surface en amont de la zone humide ; interruption des connexions zone humide / cours d’eau / nappe d’accompagnement par endiguement, chenalisation, consolidation des berges à l’aide d’ouvrages étanches ; etc.) ; 
• l’interruption ou la modification des modalités de circulation de l’eau au sein de la zone humide (ex. : drainage ; purge ; tassement/compactage des sols ; collecte, concentration voire dérivation des eaux de ruissellement superficiel ou de sub-surface au sein même de la zone ; défaut d’entretien des rigoles ; modification des courants marins ; etc.) ; 
• la modification de la végétation (déboisement ; défrichement ; mise en culture ; amendement des sols ; surpâturage ; arrêt du pâturage ; parcs photovoltaïques ; retournement des sols favorisant l’installation d’espèces exotiques envahissantes ; etc.) ;
• etc.

Les conséquences pour la flore ou la faune sont notamment:

• la destruction de la végétation comprenant des cortèges phytosociologiques spécifiques d’habitats humides ;
• le maintien mais l’homogénéisation et la banalisation des cortèges phytosociologiques ; 
• l’altération, la dégradation voire la destruction d’aires de repos, de zones refuges ou d’abris, de sites de reproduction ou d’alimentation privilégiés pour la faune engendrant :
  • une fragilisation voire la disparition d’espèces inféodées aux zones humides, et ce du fait de la régression de leur domaine vital et de la raréfaction ou de la perte d’habitats nécessaires à l’accomplissement des différentes phases de leur cycle de vie ; 
  • l’isolement et la fragilisation des espèces migratrices, par interruption ou ralentissement de leurs mouvements migratoires liés au fractionnement des milieux naturels et à l’interruption de corridors écologiques.

A cela, peuvent s’ajouter des incidences négatives résiduelles significatives sur le(s) milieu(x) récepteur(s) en aval, dont notamment : 

• l’interruption ou la modification des modalités de restitution de l’eau par la zone humide en aval (concentration au sein d’un même fossé, des ruissellements initialement restitués de manière diffuse) ; 
• l’accentuation de la fréquence et de l’intensité des crues et des étiages du fait de l’accélération des temps de transfert sur le bassin versant ;
• l’accentuation des processus d’érosion par concentration des ruissellements (érosion latérale engendrant une déstabilisation des berges ; érosion verticale du substrat et incision du fond du lit mineur des cours d’eau ; etc.) ;
• la détérioration de la qualité physico-chimique de l’eau et l’augmentation du colmatage du substrat au fond du lit des cours d’eau par réception d’eaux polluées (amendements, rejet de produits phyto-sanitaires, érosion, matières en suspension issues des drains ou purges, etc.) ;
• etc. 

Les conséquences potentielles de ces pressions sur les fonctions hydrauliques, bio-géochimiques ou biologiques des zones humides sont listées au sein du guide présentant la méthode nationale d’évaluation des fonctions des zones humides (Gayet et al., 2016).

À noter que tout projet n’engendre pas systématiquement la destruction définitive et irréversible de tout ou partie d’une zone humide. Ces incidences peuvent, selon les cas, rester localisées à la zone humide ou s’étendre au milieu récepteur et au bassin versant hydrographique. Il y a lieu de le vérifier au cas par cas, notamment au regard du fonctionnement hydro-géomorphologique de la zone humide concernée par le projet.