La mise en œuvre de mesures de compensation est explicitement prévue par le code de l’env. pour ce régime d’instruction.
Concernant la nature des mesures attendues, leurs objectifs et obligations de moyens et de résultats, il convient de se référer aux articles L. 110-1 et L. 163-1 du code de l’env. précités. Ces objectifs et principes généraux de la compensation sont résumés au sein de cette page.

S’agissant d’un régime d’instruction susceptible de viser ou d’embarquer plusieurs réglementations, les attendus en matière « de compensation des atteintes à la biodiversité » varieront en fonction des réglementations visées, dont à titre d'exemples :

• non dégradation supplémentaire de l’état des masses eaux souterraines (nappes phréatiques) ou superficielles (cours d'eau, zones littorales, milieux marins) ;
• maintien en bon état de conservation d’habitats d'intérêt communautaire ou de populations d’espèces protégées  (Cf. COMPENSER / REGLEMENTATION / Atteinte aux sites d'intérêt géologique, aux habitats naturels et aux espèces protégées (individus, habitats ou corridors de déplacement), partie en cours de développement) ;
• préservation de la santé et de la sécurité publique ;
• etc.