La mise en œuvre de mesures de suivi dans le cadre des incidences sur les objectifs de conservation Natura 2000 est implicitement demandée dans le code de l’env. En effet, le terme « suivi » n’apparaît pas au sein des articles L. 414.1 à L. 414.7 et R. 414-1 à R. 414-29 du Code de l'environnement, consacrés à la désignation et à la gestion des sites Natura 2000 en France. En revanche, le suivi est explicitement demandé :

• Dans la Circulaire du 15 avril 2010 relative à l’évaluation des incidences Natura 2000 ;
• Dans le Document d’orientation de la Commission européenne concernant l’article 6, paragraphe 4, de la directive « Habitat, faune, flore » - 2012.

Dans le cas d’un projet impactant un site Natura 2000, le suivi consiste à évaluer l’effectivité (la mise en œuvre) et l’efficacité (les résultats) des mesures d’évitement, de réduction et de compensation, afin de pouvoir adapter le cas échéant les mesures au regard des objectifs fixés dans l’acte d’autorisation.

L’autorité compétente peut autoriser un projet qui a un impact significatif sur un site Natura 2000 et sur ses habitats connexes, qu'une fois qu'elle s’est assurée de l’efficacité des mesures de compensation proposées (et auparavant si elle s'est assurée que le projet répond bien à une raison impérative d’intérêt public majeur et qu’aucune solution alternative n’y a été trouvée). Cette efficacité correspond au maintien de la cohérence globale du réseau Natura 2000, et donc au bon maintien de la conservation du site, des espèces et des habitats d’intérêt communautaire.