L’arrêté prescrit, durant la phase d'exploitation, au titre des mesures de compensation, de mettre en place des démarches de protection et de préservation des colonies d'oiseaux marins nicheurs sur les îles et îlots dans l'aire d'étude éloignée, sur 20 ans, comprenant la réalisation d'un état des connaissances de ces colonies d'oiseaux dans la zone d'influence du projet et la mise en place de deux programmes d'action, d'une durée de 10 ans, ainsi que des actions de gestion et de restauration écologique de milieux favorables à la reproduction, au stationnement et à l'alimentation d'oiseaux côtiers et migrateurs et aux chiroptères, sur 20 ans, portant sur l'identification et la caractérisation des sites d'intervention, complétées par deux programmes d'action de 10 ans.

Le juge qualifie de « mesure de compensation » la réalisation d’un état des connaissances des colonies d’oiseaux, alors qu’il s’agit d’une mesure d’accompagnement. 

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