La définition et la mise en œuvre des mesures ERC ainsi que le suivi de ces mesures relèvent de  la responsabilité du maître d’ouvrage du projet concerné. Il peut mandater une structure pour les réaliser, mais il en reste réglementairement responsable.

Le suivi est une étape primordiale pour s’assurer d’une part de la bonne mise en œuvre des mesures d’évitement, de réduction et de compensation et d’autre part de leur l’efficacité. Il doit faire partie des prescriptions de l’acte d’autorisation.

Les objectifs et les principes des suivis doivent être définis dans les dossiers.

L'établissement du protocole de suivi se fait en 5 étapes (détaillées plus bas) : 

• Étape 1 : la définition du plan d’échantillonnage ;
• Étape 2 : l’installation des repères sur site (cette étape est facultative : certains protocoles de suivi ne nécessitent pas d’installer des repères sur le site) ;
• Étape 3 : la préparation de la trame de relevés des données ; 
• Étape 4 : le recueil des données ; 
• Étape 5 : le bilan de suivi.

Les suivis font l’objet d’un cahier des charges basé sur les protocoles, aussi détaillés que possible, prévus dans le dossier de demande d’autorisation, et intégrant les prescriptions de l’acte d’autorisation. Le choix définitif des protocoles doit s’appuyer autant que possible sur les documents de référence nationaux, en les adaptant aux enjeux écologiques du site grâce à l’expertise des gestionnaires ou scientifiques locaux, y compris les agents de l'Office français de la biodiversité.

Par ailleurs, plus les mesures ERC sont détaillées, et plus il sera facile pour le porteur de projet de définir son protocole de suivi. Il est cependant nécessaire de garder une certaine souplesse dans la rédaction afin de pouvoir s’adapter au terrain et à l’évolution éventuelle du contexte environnemental.

Les protocoles de suivi à mettre en œuvre sont définis en fonction des indicateurs choisis, eux-mêmes définis en fonction des objectifs des mesures ERC.

Le choix des indicateurs s’appuie sur l’objectif et les modalités de la mesure. Les indicateurs peuvent être exprimés par des mesures ou des valeurs absolues, ou par des valeurs ou mesures relatives (données rapportées à un autre paramètre ou comparées à l’état initial ou à l’année antérieure). Une grille de lecture de l’indicateur pourra être établie afin d’interpréter ses valeurs en fonction de points de comparaison (seuils, points de référence, variations spatio-temporelles). Il est recommandé d’utiliser les mêmes indicateurs à la fois pour les suivis et pour les estimations des pertes et des gains écologiques.

• Étape 1 : L’expert chargé du suivi doit, dans un premier temps, définir son plan d’échantillonnage, et ainsi préciser pour chaque composante des milieux naturels concernée par la mesure ERC faisant l’objet du suivi : 
  • Les stations de mesure (dont stations témoins) ;
  • La fréquence des mesures et les dates (ou saisons) ;
  • La durée des mesures ;
  • Le protocole de collecte des données sur le terrain ;
  • La durée du suivi ;
  • Les modalités d’analyse et d’interprétation des résultats.

Le plan d’échantillonnage sera préférentiellement établi en se référant à des méthodes et protocoles standardisés. Le suivi écologique devra également être en cohérence avec les protocoles de suivi appliqués à des zones géographiques proches (pour un site Natura2000 par exemple).  Le porteur de projet peut ainsi développer une méthode expérimentale. Dans ce cas, il doit mettre en place une étude pilote lors de la première année de suivi pour vérifier la pertinence de la méthode sur le terrain et l’ajuster si nécessaire.

• Étape 2 (facultative) : Dans un second temps, il peut s’agir d’installer des repères sur le site pour réaliser des observations « fixes ». Ces installations (quadras, pièges photographiques ou à traces,…) doivent être facilement localisables afin de s’assurer qu’ils soient toujours positionnés au bon endroit. Des personnes différentes doivent pouvoir réaliser le suivi. Une géolocalisation et une intégration dans une base SIG de ces repères est recommandée.
   
• Étape 3 : Par la suite, l’expert chargé du suivi prépare une trame de relevé des données avant la campagne de terrain, dans laquelle il liste :
  • les mesures à réaliser et les protocoles méthodologiques associés ;
  • les indicateurs de l’état d’avancement des actions (objectif de moyens) ;
  • leur efficacité, évaluable par exemple par des valeurs seuils (objectif de résultats).

Une fois sur le terrain, l’expert pourra évaluer chaque indicateur selon les précisions indiquées dans la trame. Chaque trame est adaptée à l’objet du suivi. Il est donc nécessaire de préparer autant de trames qu’il y a de mesures à suivre. Celles-ci doivent préciser le nom de l’observateur, la date, la météorologie et le moment d’observation, ainsi que la cible du suivi.

• Étape 4 : Avant la phase de recueil des données de terrain, l’expert doit s’assurer que les conditions de relevé sont compatibles avec le(s) protocole(s), c’est-à-dire : 
  • que la période (saison) est propice à ce type d’inventaire de terrain ;
  • que les conditions d’observation sont comparables à celles du relevé précédent (conditions de couvert végétal, météorologiques, etc.) ;
  • que l’on dispose d’un état initial ;
  • qu’un témoin est défini, permettant de différencier les évolutions liées à la gestion du milieu de celles qui seraient liées à des facteurs externes.

Dans le cas contraire, il est possible que les données ne soient pas exploitables, car non interprétables.

Si le suivi implique le prélèvement d’échantillons sur le terrain, il est nécessaire d’indiquer pour chaque prélèvement : 

• la date et l’heure du relevé ;
• le lieu de prélèvement (coordonnées GPS) ;
• la taille du prélèvement (exemples : longueur de feuille, volume de sédiment ou d’eau, nombre d’individus, etc.) ;
• les conditions météorologiques (température de l’air, vent, …) ; 
• la référence du prélèvement qui renvoie à un document qui complète certains éléments comme la méthode de prélèvement, le matériel utilisé, les moyens de stockage et de transport et toutes autres données pertinentes pour l’exploitation et l’interprétation des résultats de suivi.

Une géolocalisation et intégration dans un base SIG des observations et prélèvements est également conseillée.

• Étape 5 : Dans un dernier temps, l’expert en charge du suivi rédige un bilan de suivi afin de rendre compte de la bonne mise en œuvre et de l’efficacité des mesures pour lesquelles il s’est engagé. Ce bilan est transmis aux services de l’Etat chargés du contrôle. Leur fréquence est définie par l’arrêté d’autorisation du projet. Les données récoltées lors du suivi doivent par ailleurs obligatoirement être transmises sur la plateforme DEPOBIO.