La recherche de mesures d’évitement s’impose avant tout déclenchement d’une demande de dérogation « espèces protégées », elle-même devant être exceptionnelle par nature. En effet, lors de l’élaboration d’un projet, il importe en premier lieu de chercher toutes les solutions alternatives possibles visant à respecter l’interdiction stricte des activités mentionnées aux 1°, 2°, 3° et 4° de l'article L. 411-1 du code de l’env. et de répondre à l’objectif de maintien en bon état de conservation des espèces protégées.

Ces solutions alternatives peuvent concerner :

• la nature même du projet (évitement d’opportunité) ; 
• son implantation et son emprise (évitement géographique) ;
• et ses modalités de réalisation et de mise en service (évitement technique). 

Elles doivent garantir l’absence totale d’impacts sur les espèces protégées ciblées (spécimens et/ou habitats - dont corridors de déplacement).

Malgré la mise en œuvre de mesures d’évitement visant certaines espèces protégées, des impacts résiduels du projet sur d’autres espèces protégées sont parfois inévitables. Dans ce cas, une demande de dérogation « espèces protégées » peut s’avérer nécessaire  (cf. NATURES D’OPERATION, REGIMES ET PROCEDURES CONCERNEES/METHODE & OUTILS/Atteinte aux espèces protégées (individus, habitats ou corridors de déplacement) partie en cours de développement »). 

Il convient alors :

• de rechercher les solutions les plus satisfaisantes pour les espèces affectées et de justifier des choix techniques effectués. L’utilisation d’une grille multicritères est alors recommandée, celle-ci permettant de comparer différentes natures de projet, scénarii d’implantation ou choix techniques, sur la base de critères objectifs ;
• de veiller à la traçabilité des mesures d’évitement envisagées.

En effet, la démonstration selon laquelle le projet constitue la solution la plus favorable constitue une condition de fond d’octroi d’une dérogation « espèces protégées », au même titre que la démonstration (1) de l’intérêt public majeur du projet, lequel devant présenter un intérêt stratégique pour la collectivité ; et (2) du maintien de ces espèces dans un état de conservation favorable dans leur aire de répartition naturelle, et ce, compte tenu des mesures de réduction ou de compensation envisagées.

L’esprit de la réglementation est ici de veiller à ce que les choix techniques effectués soient de « moindre impact » pour l'ensemble des espèces protégées concernées par le projet.