Dans le cas d’un projet impactant un site Natura 2000, les mesures de compensation ont pour double objectif de conserver le site Natura 2000 impacté par le projet et de maintenir la cohérence globale du réseau Natura 2000 (article R. 414-23 § IV/2° du code de l’env.).

Les mesures de compensation doivent respecter les principes susvisés d’équivalence, d’efficacité, de faisabilité, de proportionnalité et de proximité géographique et temporelle. La méthode d’évaluation des besoins et réponses de compensation doit :

• viser, dans des proportions comparables, les habitats et espèces devant subir des effets dommageables et assurer des fonctions comparables telles qu’elles apparaissent dans les données écologiques (Formulaire Standard des Données ; Document d’Objectif ; …) qui ont répondu aux critères de sélection du site ;
• définir clairement les objectifs et les modalités de gestion, de manière à ce que ces mesures contribuent effectivement à la cohérence du réseau Natura 2000. Dans ce cadre, les mesures doivent présenter de bonnes chances de réussite et être fondées sur les meilleures pratiques en matière de travaux de génie écologique ;
• garantir à l’habitat ou à l'espèce concernée de bonnes perspectives d’un état de conservation favorable. A ce titre, les principaux paramètres permettant de définir cet état de conservation favorable sont précisés à l’article 1er, points e) et i) de la Directive « habitats/faune/flore » ;
• couvrir la même région biogéographique ;
• être efficace avant ou au plus tard au début de la détérioration ou la destruction d’un site de reproduction ou d’une aire de repos. Dans certains cas, leur mise en œuvre peut être légèrement différée dans le temps et les mesures peuvent ne pas être entièrement fonctionnelles au moment où la détérioration/destruction se produit, tout dépend du type d'habitat ou d'espèce à compenser. A titre d’exemples, certaines espèces à cycle long peuvent attendre la restauration/recréation de leurs sites de reproduction ; d’autres, à cycles courts, ne peuvent attendre pour se reproduire. Cet élément doit être pris en compte lors de la fixation de l’échéancier de réalisation de ces mesures.

Lorsque les sites de compensation sont fractionnés dans le temps et dans l’espace, leur choix doit résulter d’une approche d’ensemble permettant de maintenir les capacités du réseau Natura 2000 à conserver les habitats et espèces à l’origine de la désignation de ces sites. Lorsque le projet porte atteinte à plusieurs habitats ou espèces d’intérêt communautaire prioritaire, les impacts doivent être évalués séparément pour chacun de ces habitats et espèces, puis de manière globale afin de définir la(les) solution(s) à mettre en œuvre.